Na terenie Powiatu Działdowskiego występują następujące rezerwaty:
Bagno Koziana – Rezerwat ornitologiczny o powierzchni 54,85 ha, utworzony w 1991 r. na terenie WPK, w gminie Lidzbark, dla zachowania ostoi ptactwa wodno-błotnego. Obejmuje on kompleks bagien i torfowisk, zarastających zachodni kraniec jeziora Jeleń. Wschodnia i środkowa część rezerwatu ma charakter torfowiska wysokiego, w pozostałych miejscach – torfowiska przejściowego i niskiego. Bogatą florę reprezentują rzadkie gatunki roślin torfowiskowych np. narecznica grzebieniasta, rosiczka okrągłolistna, pływacz drobny, jeżogłówka najmniejsza i bagno zwyczajne. Na obszarze rezerwatu stwierdzono występowanie 87 gatunków ptaków. Wśród nich 61 gatunków uznano za lęgowe, a 26 za przelotne i zalatujące. 7 gatunków gnieżdżących się tutaj jest uznawanych w Europie za zagrożone. Z bogatej fauny ptaków można tu spotkać: rybitwę zwyczajną, perkoza dwuczubego, brodźca krwawodziobego, czajkę, perkozka, łabędzia niemego, żurawia zwyczajnego, błotniaka stawowego, remiza, gąsiorka, piecuszka, świergotka łąkowego, potrzosa i rokitniczkę.
Góra Dębowa – rezerwat leśno – krajobrazowy o powierzchni 163,32 ha, ustanowiony w 1993 r. w Dwukołach dla zachowania unikalnego, pagórkowatego krajobrazu leśnego ze starymi drzewostanami mieszanymi. Najwyższe wzniesienie zwane Górą Dębową ma 185 m n.p.m. Można spotkać tu wiele gatunków chronionych, w tym np. lilie złotogłów oraz storczyki gółki długoostrogowej.
Jar Brynicy – Rezerwat geomorfologiczno-leśny o powierzchni 29,47 ha w GLPK. Ochronie od 1955 r. podlega tu las mieszany o cechach zespołu naturalnego, porastający strome zbocza jaru rzeki Brynicy i przylegającej wysoczyzny morenowej. Brynica na odcinku rezerwatu wcina się w utwory moreny czołowej, żłobiąc 40-50 m jar o charakterze przełomu rzecznego. Na terenie rezerwatu znajduje się Dąb Rzeczypospolitej (zwanym również Dębem Jagiełły), którego obwód wynosi 596 cm, wysokość 32 m, a wiek szacowany jest na ok. 400 lat. Szatę roślinną rezerwatu tworzą 4 zespoły: grąd typowy, łęg jesionowo-olszowy, grąd wilgotny oraz bór mieszany. Wiek drzewostanu wynosi ok. 140-160 lat. W runie zanotowano wiele gatunków roślin chronionych, rzadkich i ustępujących tj. wawrzynek wilczełyko, lilia złotogłów, czerniec gronkowy, gnieźnik leśny i podkolan zielonawy.
Jezioro Neliwa – rezerwat został utworzony 29 grudnia 2006 r.(Rozporządzenie Nr 57 Wojewody Warmińsko-Mazurskiego z dnia 29 grudnia 2006 r. w sprawie uznania za rezerwat przyrody “Jezioro Neliwa”) na powierzchni 16,5 ha. Znajduje się na terenie gminy Rybno. Celem ochrony rezerwatowej jest zachowanie i ochrona zanikającego mezotroficznego jeziora wraz z niewielkim fragmentem zlewni, zachowanie krajobrazu przedmiotowego obszaru obejmującego dużą liczbę zbiorowisk roślinnych związanych z jeziorem, ochrona siedliska chronionych i rzadkich gatunków roślin i zwierząt Rodzaj rezerwatu przyrody określono, jako wodny.
Jezioro Neliwa należy do jezior płytkich. Prawie całe opanowane jest przez roślinność wodną. W strefie przybrzeżnej widać pas szuwarów, które tworzą: trzcina, pałka szerokolistna, skrzyp bagienny i tatarak. Drugi pas roślinności wysunięty w głąb jeziora budują rośliny o liściach wynurzonych lub pływających po powierzchni wody. Do nich należą: grążel żółty, rdestnica i osoka aleosowata, która opanowała dużą powierzchnię jeziora. Głębsze miejsca jeziora porastają ramienice tworzące przepiękne podwodne łąki.
Klonowo – Rezerwat leśny o powierzchni 32,64 ha, utworzony w 1958 r. na terenie GLPK w celu ochrony obszaru lasu mieszanego, przylegającego do pd.-zach. brzegów jeziora Lidzbarskiego. Szatę roślinną rezerwatu tworzą głównie 2 zespoły: dominujący przestrzennie bór mieszany oraz grąd typowy. Wiek drzewostanu wynosi ok. 190 lat. Ciekawym urozmaiceniem przyrodniczym tego miejsca są rosnące tu deglezje zielone. Poza tym uwagę zwracają 2 pomniki przyrody: 400-letni dąb szypułkowy i buk o obwodzie pnia 348 cm.
Ostrów Tarczyński – Rezerwat leśno-krajobrazowy o powierzchni 108,58 ha, utworzony w 1993 r. na terenie WPK, pomiędzy jez. Grądy i Tarczyńskim, od północy oddzielony od lądu tzw. krótką rzeką. Położenie i konfiguracja terenu sugerują, że w przeszłości uroczysko to było półwyspem lub wyspą, a jeziora łączyły się. Celem ochrony jest tu zachowanie lasów urozmaiconych pod względem siedlisk i zespołów roślinnych, będących ostoją licznych gatunków ptaków. Rezerwat obejmuje bór mieszany z fragmentami lasów grądowych. Występują tu głównie: sosna – 70%, dąb i brzoza. Drzewostany w większości liczą ok. 100 lat. W runie borów mieszanych występują chronione widłaki (jałowcowaty i goździsty) oraz konwalia majowa. Urozmaicenie terenu stanowią zagłębienia z roślinnością bagienną.
Ekosystem leśny oraz przylegające do niego ekosystemy bagienno-jeziorne są bardzo wartościowe pod względem ornitologicznym. Ostrów Tarczyński jest ostoją 85 gatunków ptaków lęgowych i 9 gatunków zalatujących. W obrębie rezerwatu gnieżdżą się np. krakwa, gągoł, nurogęś, zausznik, sieweczka rzeczna, bekas kszyk, brodziec samotny, brodziec piskliwy, turkawka, pójdźka, puszczyk, sowa uszata, zimorodek, dudek, krętogłów oraz cztery gatunki dzięciołów – dzięcioł czarny, duży, średni i dzięciołek. Można tu spotkać myszołowa, kanię rudą, bielika a także rybołowa. Gniazdują tu również: bocian czarny oraz orlik krzykliwy.
Świńskie Bagno – rezerwat torfowiskowo-ornito-faunistyczny o powierzchni 16,10 ha, ustanowiony w 1993 r. w gminie Iłowo-Osada dla zachowania ekosystemów torfowiskowych i leśnych będących ostoją licznych gatunków ptaków i ssaków.